Zwarte Mees Parus ater staat op de Rode Lijst (met als motief voor opname "Gevoelig").
De Zwarte Mees is een naaldhoutvogel die ook veel in loofbos foerageert, soms volstaan enkele fijnsparren voor een territorium als het omliggende loofbos oud, vochtig en voedselrijk is. In structuurarme naaldbossen met weinig of geen geschikte holten vindt de kleine Zwarte Mees meestal toch wel een holletje: een muizenhol voldoet ook. Ondergronds broeden is bij deze soort niet ongewoon, een voordeel ten opzichte van de ander mezen.
In het NHD zijn de aantallen van deze soort tot 2007 gestaag gegroeid, daarna zakte het aantal iets in. Ook in het NPZK groeide het aantal tot 2007 en daalde daarna. De trends van beide gebieden zijn vergelijkbaar en de recente daling stemt overeen met de landelijke trend. De aanvankelijke groei van de populatie die vast verband houdt met het verouderen van de opstanden, zien we in de landelijke trend vreemd genoeg niet, alsof landelijk de bossen niet verouderd zijn. Misschien is er landelijk meer kaprijp bos geoogst, de BMP-index van Kuifmees is vanaf 2005 ook gedaald.
De afname van Zwarte Mees en Kuifmees, valt samen met die van andere wilde mezen die 's winters niet of zelden op vetbollen foerageren (Matkop, Staartmees), mogelijk hebben de natuurlijker mezen last van de concurrentie met de talrijke vetbolmezen.
Het aantal Zwarte Mezen is ook afhankelijk van invasiejaren met grote aantallen noordelijke vogels, na zo'n invasie blijven veel hier en neemt de populatie tijdelijk sterk toe.
Omvorming van naaldbossen naar natuurlijker loofbos zou voor de naaldhoutvogels ongunstig kunnen zijn, zeker als het aantal naaldbomen in de kroonlaag afneemt. Dit omslagpunt komt waarschijnlijk eerder bij de Kuifmees dan bij de Zwarte Mees.