Grauwe Vliegenvanger Muscicapa striata staat op de Rode Lijst (met als motief voor opname "Gevoelig").
Sinds de start van de monitoring van broedvogels is de trend van deze soort in mineur geweest. De Grauwe Vliegenvanger leek weinig nodig te hebben, een halfopen holte om te broeden en vliegende insecten om te eten. Vroeger kwam de soort vrijwel overal voor, bijna elk boerenerf had wel een paartje.
De achteruitgang in het landelijk gebied kan geweten worden aan de afname van het aantal insecten door overmatig gebruik van pesticiden en aan de afname van geschikte nestgelegenheid. Ook Boerenzwaluw is landelijk om die redenen sterk afgenomen.
De afname in bossen en natuurgebieden is minder voor de hand liggend. Gemiddeld worden de bossen ouder en dus geschikter, maar terwijl het de meeste bosvogels voor de wind is gegaan, geldt dit niet voor de grauwe vlieg. In eerste instantie kan gewezen worden naar droogte in de overwinteringsgebieden in Afrika, maar in detail beschouwd klopt dat niet: Grauwe Vliegenvanger profiteert namelijk niet of nauwelijks van natte jaren in de Sahel, terwijl andere daar overwinterende soorten dat wel doen. Wel kan gesteld dat de negatieve trend misschien is gestabiliseerd dankzij de nattere Sahel-winters van de afgelopen jaren.
In het NPZK waren de aantallen de laatste twee karteringen ongeveer vergelijkbaar, in overeenkomst met de stabiele landelijke trend. Ook in het NHD is een duidelijke afname waarneembaar na de jaren tachtig, daarna schommelen de aantallen op een lager niveau.